人間に擬態し潜伏した「怪獣9号」の捜索が続く中、ミナ不在の立川基地に突如、怪獣の群れが襲来！群れることのない翼竜系怪獣たちを束ねる首魁は、人語を解し知性を持った新たな“大怪獣”だった。その怪獣は戦いを楽しむかのように、その場で一番強い隊員＝保科に狙いを定める。