東京都内の各所で同時多発的に怪獣が発生！鳴海の第１部隊とミナの第３部隊が出撃するが、事態は東京にとどまらず、日本各地で怪獣たちが重要施設への攻撃を開始していた。未曽有の「群発災害」に立ち向かうのは、識別怪獣兵器を操る精鋭と、訓練を積んだ若き力──功の遺志を継ぐ新たな日本防衛隊に出撃の時が訪れる！