日常的に怪獣の脅威にさらされる日本。怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を目指していた日比野カフカは、夢をあきらめ怪獣専門清掃業で働いていた。防衛隊第3部隊隊長として活躍する幼馴染･亜白ミナとの、ともに怪獣と戦うという約束を想いやるせなさを感じる日々の中、カフカは、防衛隊員を志す後輩・市川レノと出会う。